Die bestehenden Einheiten der Flußarmada hatten den Auftrag, das Vordringen der Türken über die Save nach Ungarn zu verhindern. Damals standen bereits drei Schiffe, eine Fusten, eine Bregantine und ein anderes großes Schiff bei Welika, sieben Barboten sollten dazukommen, Holz und Schiffbauer waren in Pozega, der alten Stätte des ungarischen Schiffbaues, genügend vorhanden.
Die Wiener Flotte gedachte de Sara aus 12 Fregatten, acht kleinere Barbotten, 12 Bergantinen, 8 Barkelongen und 4 Ruffionella zu bilden. Wie weit diese Vorschläge durchgeführt wurden, ist nicht festzustellen. Der neue Türkensturm des Jahres 1529 vernichtete alles, was auf den Strömen bereits bestand. Die letzten Schiffe versenkte man, als der Feind vor Wien erschien, beim Arsenal vor der Stadt und die Türken ruderten mit ihren zahlreichen kleinen Booten bis Nußdorf, um hier jeden Zuzug zur Stadt zu verhindern.
Nach dem Rückzug der Türken begann ein neues Rüsten auf der Donau. Diesmal forderte de Sara 50 Schiffe (25 Galeeren, 15 Brigantinen, 10 Barkelonge), die monatlich 14.000.- Florin gekostet hätten, Schiffsleute sollten der Papst, Venedig, der Herzog von Ferrara, der Markgraf von Mantua und der Herzog von Urbino an die Donau schicken. Tatsächlich waren 1532 nur 28 alte und neue Schiffe vorhanden, die Mannschaft elend gehalten und ohne Bezahlung, weil de Sara kein Geld erhalten konnte, um seine oftmaligen Versprechungen zu erfüllen. Weil die Zeit fehlte, Galeeren zu bauen, beantragte er die Armierung von 16 bis 20 Salzschiffe mit je 3 Geschütze und zusammen etwa 1000 Hacken und Doppelhacken, eine Improvisation, wie sie später mehrmals angewendet wurde.
Acht Jahre später (1540) lagen nun 16 Schiffe im Arsenal, 1543 deren 26 verschiedener Typen, wie aus einem detaillierten Inventar zu ersehen ist.
Nach Jeronimus de Sara übernahm Alfonso de Contreras mit dem Arsenal auch das Kommando über die Armada und führte diese in allen Feldzügen bis 1554 neben den Nassadisten. Bei seinem Tode lagen im Arsenal bloß 7 Schiffe.
Im nächsten Krieg 1566 bis 1568 wurde Phillip Flach von Schwarzenberg "Comenthur des Hl. Ioanis-Ordens zu Trier", zum Obristlieutenand über die Armada ernannt. Die Flotte erreichte damals eine bedeutende Größe. Noch 10 Jahre nach Friedensschluß waren im Arsenal 15 Galeeren, 4 doppelte und 4 einfache Vergantinen, 4 Fragranden, 2 Gundeln und 2 Barken vorhanden.
Der größte Teil dieser Fahrzeuge machte auch noch das erste Feldzugjahr des langen Türkenkrieges am Ende des 16. Jh. mit. General über die Armada war Phillip Riedesel von Lamberg, "St. Johannes Orden Groß Baley in Teutschland", der die Flotte bei der Belagerung von Raab 1594 so unglücklich führete, daß sie den größten Teil der Schiffe verlor. Im nächsten Jahr stand an der Spitze des Arsenals und der Armada Ferdinand Weydtner von Püllerburg, denselben, der dem Kaiser seine Anträge für die Neuordnung des Arsenals und den Ausbau der Flotte vorlegte, von 1598 an Felizian Ritter von Mosch.
Nach dem Friedensschluß von 1604 kamen 8 Galeeren, drei Brigantinen und fünf Fregatten ins Arsenal zurück.
Für den kurzen Feldzug unter Montecuccolis Führung (1663-1664) ließ Leopold I ein neues Schiffsarmament nach Plänen des Italieners Rudolfi bauen. Er fuhr wohl bis Komorn, trat aber mit der türkischen Flotte nicht in Kontakt. Die hohe Meinung des Feldherrn über die Verwendbarkeit und Notwendigkeit einer Armada rechtfertigt jedenfalls die Aufstellung.
Eine ganz besonderen Aufschwung nahm der Flottenbau am Ende des 17. Jh., als die kaiserlichen Waffen nach der Befreiung Wiens von Erfolg zu Erfolg eilten und auf der Donau die Verhältnisse, wie sie vor 150 Jahren gewesen waren, wieder herstellten.
Zu Beginn des Krieges beauftragte Kaiser Leopold I. den Obristfeldwachtmeister Gabriel Veccia "Ritter des hl. Marsilii und Lazari", die im Arsenal vorhandenen 2 Galeeren, 2 Brigantinen und 2 Fellucen mit Manschaft zu versehen. Um an fremden Kriegsleuten zu sparen, kamen 1000 Mann von 9 verschiedenen Infanterieregimentern als Besatzung, alle in Wien, Raab und Komorn gefangene Türken und Verbrecher als Ruderknechte auf die Schiffe. Die Matrosen wurden in Buccari und Triest geworben, Schiffszimmerleute aus Italien bezogen. Außerdem erließ der Kaiser einen Aufruf, um Freiwillige als Mannschaften anzuheuern.
Diese Flotte spielte im neuen Krieg keine Rolle. Sie ging nach Komorn und blieb dort vor Anker, ohne mit dem Feind in Kontakt zu treten. Als die Armee Ofen belagerte, war sie nicht dabei, sie folgte auch nicht stromabwäts nach, als die kaiserlichen Waffen die Donau bis Belgrad und Orsova befreiten.
Wärend dieser Feldzüge verfügten die kaiserlichen Feldherrn nur über die Nassadisten, die für den Schutz der Brücken genügten, solange das Landheer siegreich vordrang. Gerade damals hatte die Donau eine besondere Wichtigkeit für die Kriegsführung, da sie der einzig gute Nachschubsweg für das weit im Süden kämpfende Heer bildete. Die Sicherung war daher von großer Bedeutung.
Bei dem Mangel einer starken Flotte machte man den Versuch, die untere Donau durch Landbefestigungen im Eisernen Tor abzusperren. Gelang es, die feindliche Kriegsflotte, die Proviant- und Wassertransporte auf längere Zeit vom eigentlichen Kriegsschauplatz in Südungarn fernzuhalten, so war Belgrad isoliert und das türkische Heer einzig auf den schwiegrigen Landtransport angewiesen.
Die seit 1690 wieder offensive Kriegsführung der Türken war die Veranlassung zum Bau eines neuen Schiffsarmament auf der Donau. Als ein gewisser Marquis de Fleury in Wien erschien und Pläne für eine ganz neue Art von Kriegsschiffen vorlegte, begegnete er dem allgemeinen Mißtrauen der Hofkriegsräte. Graf von Starhemberg, der Hofkriegsratspräsident, meinte, daß man die bisherigen Siege ohne ein Armement erfochten habe und daß Fleury für die Donau veritable Seeschiffe bauen wollte, ohne Rücksicht auf die schwierigen Navigationsverhältnisse des Stromes.
Trotzdem bewilligte ihm der Kaiser im Jahre 1692 10.000.- Taler und es entstanden eine Anzahl besonders gewaltiger 44,3 m langer Schiffe mit zwei Decks, die 40 große und 20 kleinere Geschütze tragen konnten. Offiziere und Matrosen kamen aus Holland, unter ihnen auch der Kapiän Ludwig von Assembourg. Der Gesamtaufwand für die Flotte belief sich auf 700.000.- Florin. Sie bestand aus 12 Schiffen. Ihr Kommandant wurde Fleury und nach seinem Tode 1693 Assembourg, der sie bis 1697 führte. Sie stand stets an der Seite der Armee, stets defensiv, aber eine wichtige Hilfe bei den Operationen entlang der Donau und Theiß sowie bei den Kämpfen um Festungen.
Als im Früjahr 1697 ein neuer Feldzugsplan beraten wurde und die meisten Stimmen für die Aufnahme der Offensive sprachen, trat auch die Frage der Erneuerung des Schiffsarmaments in den Vordergrund. Von der Flotte Fleurys waren nur mehr 9 Schiffe Fleurys- uns Assembourgscher Konstruktion vorhanden.
Bericht des General Nehem vom 3. Juni 1697 an den Hofkriegsrat über die Besichtigung der bei Ysipp und Peterwardein stehenden Kriegsschiffe:
1.) St. Michael ist eines von den großen Schiffen mit 2 Verdecks, hat bereits 2 Campagnen getan, weil es aber 1 Jahr bei der Margareteninsel und 2 Jahre zu Ysipp ohne Aufsicht stehen geblieben, also ist es ziemlich verdorben und hin und wieder verfaulet...........kann aber diese Campagne ohne einzige Beisorge gute Dienste leisten.
2.) Nr. 11 ist mit St. Michael zugleich heruntergekommen und ist im selben Zustand wie vorriges.
3.) Wie auch Nr. 12. Und sind diese 3 Schiffe völlig verfertigt und imstande auf den ersten Befehl herunter zu gehen.
4.) St. Gabriel. Ist das Admiralsschiff mit 2 Verdecken und hat bereits 5 Campagnen getan, auch sehr ruiniert gewesen, weil es einmal recht und von unten repariert worden. Stehet aber jetzt auf dem Trockenen und wird sowohl von unten als von oben dergestalt ausgebessert und mit neuen Knien, Eckbalken aus einem Stück und eisernen Bändern versehen, daß es stärker wie zuvor sein und meines Erachtens unter guter Obsicht noch wohl 3 Campagnen dienen wird. Kann aber vor 10 Tagen nicht fertig sein.
5.) St. Anna. Ist eines von den größten Schiffen, wird aber nur mit 1 Verdeck zugerichtet, weil das Oberste völlig verfaulet und verdorben, das unterste hingegen, welches etliche Jahre im Wasser gelegen, ist meines Erachtens das Beste und stärkste von allen, ist aufs Land gewunden, wird sehr wohl repariert und von unten völlig calfatiert und überall dergestalllt versehen, daß wenigstens 3 Campagnen noch wird dienen können, wird aber auch ein Zwergsegel oder volle latine haben und kann unter 3 Wochen nicht fertig sein.
6.) Ist ein kleines Schiff ohne Nummer, ist ebenfalls an Land gebracht und gleich dem vorigen gar wohl von unter und von oben repariert worden, so daß es auch noch 3 Jahre wohl wird dienen können.
7.) St. Maria. Ist eines der großen Schiffe, ist den Winter allhier zu Peterwardein gestanden und verwichenen Herbst völlig von unten und oben ausgebessert, und diesen Frühling ferner also versehen worden, daß es vermutlich 2 - 3 Jahre wird dienen können, wenn es im künftigen Frühling ein wenig wieder ausgebessert wird.
8.) Nummero 6. Ein kleines Schiff ist mit obigem herunter kommen und ist in selbigen Stand.
9.) Wie auch Nummero 7.
10.) Nummero 3. Ist dergestalt verdorben, daß es nicht mehr zu reparieren.
11.) Könnte also an dessen Platz Nummero 9 repariert werden, welches annoch zu Ysipp auf dem trockenen steht und nach dem Ansehen nach ziemlich stark und tauglich sich befindet, ist aber noch nichts angefangen worden.
Was ferner die vorhandenen Offiziere und Matrosen betrifft, haben dieselben alle schon vorher auf der Flotte gedient und habe ich keinen Franzosen als den einzigen Leutnand Coulan gefunden, welcher noch in Churbrandenburgischem Dienst ist und mit Erlaubnis hier dient.
Sollstand der Donauflottille Mitte August 1692
St. Salvator, 56 Geschütze, Capt. St. Saphorin
St. Gabriel, 42 Geschütze, Capt. du Pont
St. Maria, 56 Geschütze, Capt. Prob
Nr. 4, 12 Geschütze, Capt. Graf Trautmannsdorf
Nr. 5, 12 Geschütze, Capt. Baron Schneidau
Nr. 6, 17 Geschütze, Capt. Brakel
Nr. 7, 18 Geschütze, Capt. Witt
Nr. 8, 16 Geschütze, Capt. Boems
Nr. 9, 12 Geschütze, Capt. Bockh
Nr. 10, 12 Geschütze, Lieutnand Lindau
Nr. 11, 12 Geschütze, Capt. Asti
Nr. 12, 10 Geschütze, Lieutnand Helmbrecht
12 Branderschiffe
12 Esseger Batterieschiffe
Ordinari Tschaiken von Raab, Komorn, Gran, Ofen
1 Krankenschiff
1 Admiral Küchenschiff
1 Magazin und Küchenschiff
1 Pulverschiff
2 Backofenschiffe
Es begann ein Sturmlaufen von Projektemachern, die alle Ruhm und Gewinn ernten wollten. Unter ihen befand sich auch der Viceadmiral der kaiserlichen Flotte St. Saphorin, dann Oberst Colalto und Franz Baron Dillherr von Althan. Alle drei waren sich einig in der Verurteilung der bisherigen Schiffskonstruktionen und überboten sich in abfälliger Kritik über die bestehenden Schiffe.
Jeder von ihnen reichte dem Hofkriegsrat seine neuesten Pläne ein, doch nur die Saphorins gelangten zunächst zur Durchführung. Saphorin hatte richtig erkannt, das die Fleuryschen Schiffe zu sehr den Seeschiffen nachgebaut waren und deshalb als Flußfahrzeuge nie entsprechen konnten. Ihre Beweglichkeit sei zu gering, ihre Höhe zu groß und die Armierung zu schwer. Er riet zu Schiffen von bloß 30m Länge (statt 44m) und 9m Breite mit nur einem 8m langen Halbdeck zur Bestreichen der höheren Uferränder. Die Armierung sollte 20 Geschütze betragen (statt 40) und aus 24-, 18- und 12 pfd. bestehen.
Saphorin meinte, daß diese Schiffe so leicht seien, daß sie von 30 Ruderknechte leicht fortbewegt werden konnten. Die Kosten sollten 6.000.- Florin pro Schiff betragen, wenn das Holz unentgeltlich aus den Eichenwaldungen zwischen Save und Donau beigestellt würde.
Der Hofkriegsrat, der sich über das neue Projekt auszusprechen hatte, war von der Vortrefflichkeit der Dillherrschen Schiffe durchaus nicht zu überzeugen. Aber es gelang P. Wolf, beim Kaiser die Bewilligung der für den Bau von 40 Halbgaleeren notwendigen Mittel zu erlangen. Wärend des Baues nahm Dillherr noch einige Veränderungen vor, so daß die Halbgaleeren schließlich die Dimensionen von Doppel-Tschaiken erhilten.
Als im Sommer die ersten Schiffe der Vollendung entgegengingen, wurde die nötige Mannschaft, die Armierung und die Mittel zum Unterhalt angefordert und wiederum sprach sich der Hofkriegsrat sehr energisch gegen die Ausrüstung. Da er aber offenbar von der Erfolglosigkeit des Wiederspruchs überzeugt war, beantragte er schließlich, die Schiffe vorläufig ohne Armierung dem Prinzen Eugen zu Verfügung zu stellen, da sie vielleicht doch als Truppentransporter oder zum Brückenschlag von Nutzen sein konnten. Der Kaiser entschied, daß alle fertigen Schiffe nach Ofen zu gehen hatten, wo sie Prinz Eugen im Bedarfsfalle leicht an sich ziehen konnte. Die Doppel-Tschaiken (Halbgaleeren) aber waren zu armieren und zur Armee des Prinzen abzusenden.
Tatsächlich wurden diese Schiffe aber erst im Herbst 1697 fertig, so daß sie im Feldzug dieses Jahres nicht mehr verwendet werden konnten.
Bei der Armee war demnach nur mehr das Saphorinsche Armement. Seine geringe Stärke und die Schwerfälligkeit eines Teiles der Schiffe verurteilte es zwar zu absoluten Defensive, aber es genügte zum Schutze der Brücken und war gerade durch seine starke Artillerie zur Sperrung der Donau sehr geeignet. Prinz Eugen scheint jedenfalls mit den Leistungen Saphorins zufrieden gewesen zu sein. Der Einbegleitung zu einem Gesuche des Viceadmirals um Auszahlung des rückständigen Lohnes setzte er sich sehr lebhaft für die Erhaltung und Vergrößerung "dieses so hoch ja unumgänglich notwendigen Schiffswesens" ein.
Während der Vorbereitung für das Jahr 1698 wurde der Bau der Dillherrschen Schiffe eifrig fortgesetzt. Der Kaiser trieb zur eiligen Vollendung und bewilligte die gar nicht unbedeutenden Geldmittel, die hiezu nötig waren. Allerdings rechnete er damit, daß die Flotte schon im April vollständig ausgerüstet sein werde. Tatsächlich wurden die 40 projektierten Boote erst im September fertig und ihr Konstrukteur trat an die Spitze der neu geschaffenen "Dillherrschen Armements", das nun neben der großen Flottille Saphorins bestand. Um Reibungen zwischen den beiden Flotten zu vermeiden, ordnete Kaiser Leopold an, daß bei gemeinsamen Aktionen immer eine gemischte Kommission aus beiden Armements zu entscheiden habe.
Die beiden Flottillen ergänzten sich in recht glücklicher Weise. Die Schwäche der Saphorinschen Schiffe, ihre Größe und Schwerfälligkeit wurde durch die Doppel-Tschaiken Dillherrs ausgeglichen. Zu größere Aktionen kamen beide nicht mehr.
Die Türken beschränkten sich in diesem Jahre das erstemal auf strengste Defensive. Ihre Hauptkraft stand bei Belgrad, ihre Flotte streifte auf der Donau bis Slankamen und die Besatzung von Temesvar verhielt sich vollständig passiv. Vergebens waren die Versuche Prinz Eugens, die Türken durch sein Vorrücken über die Theiß gegen Groß-Becskerek zum Schlagen zu bringen. Die Rücksichten auf die Verpflegung hielten die kaiserliche Armee an der Theiß fest und es fehlten selbst die Mittel zu einer weitreichenden Demostration. Dazu kam auch das große Friedensbedürfnis beider Parteien und ihr Streben, nach dem vierzehnjährigen Kampf nicht noch die letzten Kräfte zu opfern. Während des ganzen Jahres arbeitete die europäische Diplomatie an der Vermittlung und der Festsetzung eines für alle Teile annehmbaren Friedensinstrumentes. Zum erstenmal seit 150 Jahren hatte die Pforte ihren hochmütigen Standpunkt, die Bedingungen des Gegners abzuwarten, verlassen und ihre Anträge noch vor dem Kaiser gestellt. Aber sie wollten von einer Herausgabe des Banats nichts wissen und da auch der Kaiser bereit war, auf Grundlage des uti possidetis zu verhandeln, gab er in diesem Punkte nach.
Am 26. Februar 1699 unterzeichnete Leopold I. in Wien den in Karlowitz geschlossenen Vertrag, der Siebenbürgen dem Kaiser zusprach und die Maros und Theiß als Grenze festsetzten.
Bei der Abrüstung der Flotte kahm es noch zu einem unangenehmen Nachspiel. Assembourg hatte die ihm für die Erhaltung der Flotteübergebenen Gelder für sich verwendet und an Offiziere und Mannschaft monatelang keinen Sold ausgezahlt. Den Offizieren fehlten die Mittel, ihre Schulden zu bezahlen, der Mannschaft das Reisegeld in die Heimat. Assembourg wurde vor ein Kriegsgericht gestellt und eingesperrt, floh aber nach Holland und der Hofkammer blieb nichts übrig, als neuerdies Geld an die Flotte auszubezahlen, um die Schiffsleute überhaupt abschieben zu können. Auch der Bürgermeister von Preßburg bat um Bezahlung der Handwerker, die für die Flotte gearbeitet hatten und jetzt fast mit Weib und Kind verhungerten (29.12.1698).
